風冷恒溫恒濕空調和水冷恒溫恒濕空調的區別主要是壓縮機的散熱方式不同。
風冷恒溫恒濕空調帶一個室外機，室內機和室外機通過銅管連接，當制冷劑在內機吸收完熱量之后進入室外機散熱，熱量散完后進過壓縮機壓縮又回流到室內機，整個過程中室外機起到了給制冷劑降溫散熱的作用，恒溫恒濕空調通過這一過程完成熱量從室內到室外的轉移，從而實現給室內降溫。
水冷恒溫恒濕空調沒有室外機，而是通過冷卻塔來給壓縮機降溫，冷卻塔的工況標準一般是進水32℃出水37℃。冷卻塔與恒溫恒濕空調通過一進一出兩根水管連接起來，冷水進入恒溫恒濕空調，在恒溫恒濕空調內部的管殼式換熱器里與制冷劑進行逆向熱交換，帶走制冷劑中的熱量，從而使壓縮機完成整個制冷過程。
風冷恒溫恒濕空調的安裝比較簡單，內機和外機之間連接好銅管就可以了。水冷恒溫恒濕空調則是要依靠水管來與主機連接，水管必須焊接，連接難度比較大，施工比較麻煩。
風冷恒溫恒濕空調的維護比較簡單，只需要定期清洗下室外機灰塵就可以了，但是水冷恒溫恒濕空調需要清洗水管管路，以防止管路堵塞，清洗難度比較大。
