風冷恒溫恒濕機是依靠室外冷凝器散熱，例如家用空調就是風冷式機組。水冷恒溫恒濕機是依靠冷卻水來散熱的，水冷恒溫恒濕機有一個冷卻塔，冷卻塔有兩根水管，一根流入恒溫恒濕空調，另外一根從恒溫恒濕空調回流入冷卻塔，冷卻水流過恒溫恒濕空調的時候帶走壓縮機產生的熱量。冷卻塔有一個散熱風扇，冷卻塔的作用是給回流的高溫水散熱，冷卻之后的水又重新流入恒溫恒濕空調中，如此不斷循環，最終實現降溫的效果。
風冷和水冷機組各有優缺點：
風冷的好處是安裝和維護很方便，室內機和室外機通過銅管連接，只需要完成連接銅管、抽真空、充注冷媒的步驟之后就可以使用了。風冷恒溫恒濕空調的后期維護也比較方便，只需要定期清洗濾網，清洗室外機冷凝器和加濕桶即可。
水冷的好處是制冷效果好。因為水溫一年四季比較穩定，特別是在高溫天氣制冷效果相比風冷的要好很多。因為在氣溫高的天氣風冷機組室外冷凝器散熱效果比較差，所以壓縮機的制冷效果也不會很好，風冷恒溫恒濕空調在高溫天氣的降溫效果明顯不如水冷機組。水冷空調的缺點是安裝和維護不方便。因為冷卻塔與恒溫恒濕空調連接的水管都需要焊接，工程量非常大。后期還要清洗管路中的水垢和鐵銹等雜質，維護成本比較高。
風冷和水冷各有優缺點，所以一般小型恒溫恒濕空調基本都是風冷的，主要考慮的是安裝和維護的便利性，針對高溫天氣降溫性能下降的特點可以適當選配制冷量稍微大一點的空調機組；大型恒溫恒濕空調因為控制的區域比較廣，空間比較大，所以考慮到制冷效果，此時采用水冷的機組比較好。
